證券金融公司對證券公司基本情況、業務范圍、財務狀況、誠信記錄、風險控制能力等進行征信調查，制定科學、公正的信用評估標準和程序，對證券公司征信調查情況進行分析評估，并結合市場狀況、風險控制等因素，確定授信額度和保證金比例。
授信額度的計算公式如下：
申請人授信額度= MIN｛申請額度，證券金融公司凈資本×50%，申請人凈資本×凈資本折扣比例（初期為50%）×分類監管評級對應系數×平均維持擔保比例對應系數×（1－∑內部信用狀況調減百分比－∑外部信用狀況調減百分比）｝
在業務試點初期，證券金融公司采用固定期限的模式。轉融資期限分為7天、14天、28天三個檔次，轉融券期限分為3天、7天、14天、28天、182天五個檔次。證券金融公司根據市場需求和業務發展需要，會適時對轉融資、轉融券的期限檔次進行調整。
允許多次展期，但累計展期合約（含原合約）時長不能超過六個月。
同時允許部分金額展期，最大展期金額為展期前原合約金額（即全額展期），最小展期金額的申報單位為10萬元。
提醒提示：每次展期時，證券公司需在合約展期生成日（即原合約歸還日）歸還原合約的費用；對于部分展期的，證券公司還需在合約展期生成日歸還原合約中未展期部分的金額。
設T日為轉融通合約的成交日（展期日），N為按自然日計算的轉融通期限，則T+N日為轉融通合約的歸還日，如T+N日為非交易日的，順延至下一個交易日。歸還日轉融通標的證券停牌的，順延至該證券復牌日。
證券公司申請轉融通交易展期，至少應當在歸還日之前3個交易日提出，經證券金融公司同意后方以展期。轉融通業務展期包括轉融資展期和轉融券展期。
轉融券展期包括轉融券約定申報展期與轉融券非約定申報展期。申請轉融券約定申報展期的借入人，應自行與出借人協商，并至少在歸還日之前3個交易日申報，出借人也應在歸還日之前3個交易日提交同意展期的指令；申請轉融券非約定申報展期的借入人，應在歸還日之前3個交易日申報，由證券金融公司聯系出借人進行協商。出借人同意后，應向證券金融公司提交同意展期的指令。
提交展期指令的時間為每個交易日的9:30至11:30，13:00至15:00。指令當日15:00前可撤銷，當日未撤銷的，至證券金融公司審核之前均為有效指令。展期期限與原期限相同，累計期限最長不得超過6個月。182天期的轉融券交易不得展期。
具體而言，證券公司的轉融通業務違約情形包括：未足額歸還到期轉融通資金和證券造成的違約；未按照電子成交數據要素進行歸還造成的違約。其中后者造成的違約又可以分為：劃付指令除資金金額和證券數量之外的要素填寫不全或錯誤；使用未報備的信用交易資金交收賬戶或者融券專用證券賬戶進行劃付等等。
證券金融公司處理證券公司違約的措施包括：要求證券公司支付逾期未了結轉融通交易的違約金；要求證券公司支付逾期未了結權益補償的費用和違約金；處分證券公司的保證金用于了結其逾期轉融通債務；視情況調整證券公司的授信額度或保證金比例檔次、要求證券公司提前償還債務、暫停或終止向乙方提供轉融通服務、解除轉融通業務合同、要求證券公司賠償損失等。
另外，對于證券公司向證券金融公司提前劃付、多劃或錯劃的資金或證券，可以向證券金融公司申請用于其到期轉融通債務。了結到期轉融通債務后，如果還有剩余的資金或者證券，證券公司可以向證券金融公司申請退回。
擔保證券發生分紅、送股的，證券金融公司委托登記結算公司將對應的資金或證券記入轉融通擔保資金賬戶或轉融通擔保證券賬戶，并相應維護證券公司轉融通擔保資金明細賬戶或者轉融通擔保證券明細賬戶的數據。
擔保證券發行人向原股東配售股份，發行證券持有人有優先認購權的新股或可轉債等證券的，證券公司可以根據其擔保證券明細賬戶所記載的優先認購權向證券金融公司提交認購委托。
為防范證券公司違約風險，證券金融公司有針對性地建立了一整套轉融通業務風險管理制度，主要采取了以下措施：一是建立科學的征信與授信管理制度，公正合理確定對證券公司的授信額度；二是加強保證金盯市管理，做好事中風險控制；三是制定違約處置制度；四是建立風險準備金制度，按稅后利潤的10%提取一般風險準備金，彌補證券金融公司可能出現的經營虧損。為了防范過度的轉融資和轉融券對市場的影響，證券金融公司根據證券市場狀況和風險管理需要，按照業務規則和合同約定，可暫停部分或者全部證券的轉融通業務。
轉融通的風險指標可以分為合規指標和一般指標兩大類。《轉融通業務監督管理辦法》規定了如下4項合規指標：一是證券金融公司凈資本與各項風險資本準備之和的比例不低于100%；二是向單一證券公司提供轉融通余額不得超過證券金融公司凈資本的50%；三是對單一證券的轉融券余額不得超過該證券上市可流通市值的10%；四是單只證券擔保證券余額不得超過該證券總市值的15%。
一般指標又可以按照證券公司、擔保品、標的證券風險分為三大類。